วันที่ 12 กันยายน 64 กรมชลประทาน ออกหนังสือแจ้งเตือนสถานการณ์น้ำ  ในเขตลุ่มน้ำเจ้าพระยา ฉบับที่ 2  เนื่องจากในปัจจุบัน ปริมาณน้ำไหลผ่านที่ จ.นครสวรรค์ มีมากถึง 903 ลบ.ม /วินาที อีกทั้งเมื่อมวลน้ำไหลมาสมทบ  กับแม่น้ำสะแกกรัง ที่ จ.อุทัยธานี และประมาณน้ำฝนที่ตกเหนือเขื่อนเจ้าพระยา  ทำให้คาดการณ์ว่า  อาจมีแนวโน้มน้ำจะไหล  มาที่หน้าเขื่อนเจ้าพระยา อยู่ในเกณฑ์ถึง  1,300 - 1,400 ลบ.ม./วินาที

มูลเหตุดังกล่าว ทำให้เขื่อนเจ้าพระยา จึงจำเป็นต้องปรับเพิ่มการระบายน้ำลงท้ายเขื่อน ไปที่ประมาณ 800-1,200 ลบ.ม./วินาที ซึ่งจะส่งผลให้ระดับน้ำท้ายเขื่อนเจ้าพระยา  เพิ่มสูงขึ้นจากปัจจุบัน

ซึ่ง จ.พระนครศรีอยุธยา ถือเป็นพื้นลุ่มต่ำจะได้รับผลกระทบก่อน เช่นในเขต อ.บางบาล ที่ติดแม่น้ำเจ้าพระยา และ ในเขต อ.เสนา และ อ.ผักไห่  ที่ติดแม่น้ำน้อย   โดยน้ำ จะเพิ่มสูงขึ้นประมาณ 1.50 เมตร จากระดับในปัจจุบัน  เริ่มตั้งแต่ช่วงวันที่ 13-16 กันยายนนี้