สาเหตุการเกิดปะการังฟอกขาว เกิดจากสภาพสิ่งแวดล้อมน้ำทะเลผิดปกติ เช่น น้ำทะเลร้อน มีคราบน้ำมัน มีตะกอนทับถมในปะการัง หรือปะการังผึ่งแห้งเป็นเวลานานเมื่อน้ำทะเลลงต่ำสุด จึงส่งผลให้ปะการังเกิดความเครียดที่สูง และทำให้ปะการังขับสาหร่ายเซลล์เดียวออกจากตัวปะการัง (สาหร่ายซูแซนเทลลี (zooxanthellae)) ซึ่งเป็นแหล่งพลังงานที่สำคัญของปะการัง และทำให้ปะการังมีสีสันด้วย เมื่อสูญเสียสาหร่ายดังกล่าวไป ปะการังเข้าสู่ภาวะอ่อนแอและกลายเป็นสีขาวโพลน หากเป็นเช่นนี้ติดต่อกันเป็นเวลา 2-3 สัปดาห์ ปะการังจะตายทันที

พื้นที่ที่เกิดการฟอกขาวในอุทยานแห่งชาติทางทะเล มี 12 แห่ง (ข้อมูลระหว่างวันที่ 2 เมษายน - 8 พฤษภาคม 2567) แบ่งเป็น อุทยานแห่งชาติทางทะเลฝั่งอ่าวไทย 6 แห่ง ได้แก่ อุทยานแห่งชาติหมู่เกาะช้าง อุทยานแห่งชาติเขาแหลมหญ้า - หมู่เกาะเสม็ด อุทยานแห่งชาติเขาสามร้อยยอด อุทยานแห่งชาติหาดวนกร อุทยานแห่งชาติหมู่เกาะชุมพร และอุทยานแห่งชาติหาดขนอม-หมู่เกาะทะเลใต้ อุทยานแห่งชาติทางทะเลฝั่งอันดามัน 6 แห่ง ได้แก่ อุทยานแห่งชาติหมู่เกาะสุรินทร์ อุทยานแห่งชาติสิรินาถ อุทยานแห่งชาติอ่าวพังงา อุทยานแห่งชาติธารโบกขรณี อุทยานแห่งชาติหาดนพรัตน์ธารา - หมู่เกาะพีพี และอุทยานแห่งชาติหมู่เกาะลันตา

พื้นที่ที่ควรเฝ้าระวังเป็นพิเศษ เนื่องจากมีอัตราการฟอกขาวมากกว่า 50% ขึ้นไป มีดังนี้
1. อุทยานแห่งชาติหาดวนกร บริเวณเกาะจานทิศตะวันตก ปะการังมีการฟอกขาวในพื้นที่มากกว่า 80%
2. อุทยานแห่งชาติสิรินาถ บริเวณเกาะปลิง ปะการังมีการฟอกขาวในพื้นที่มากกว่า 80% (ดำเนินการประกาศปิดแหล่งท่องเที่ยว)
3. อุทยานแห่งชาติหมู่เกาะชุมพร
3.1 เกาะคราม ปะการังมีการฟอกขาวในพื้นที่มากกว่า 70 %
3.2 เกาะง่ามน้อย ปะการังมีการฟอกขาวในพื้นที่มากกว่า 60%
3.3 เกาะง่ามใหญ่ ปะการังมีการฟอกขาวในพื้นที่มากกว่า 80%

สำหรับมาตราการการป้องกันการเกิดปะการังฟอกขาว คือการประกาศปิดแหล่งท่องเที่ยว เพื่อลดผลกระทบจากกิจกรรมประเภทต่าง ๆ ที่อาจเป็นการเร่งให้ปะการังเกิดการฟอกขาว ในอุทยานแห่งชาติทางทะเล จนกว่าสถานการณ์การฟอกขาวของปะการังจะคลี่คลายลง